选择南开大学还是南京大学进行考研，主要取决于个人的兴趣、专业目标、以及未来就业规划。以下是它们的一些对比：

学校排名和综合实力

南京大学：在整体综合实力上，南京大学被认为稍微领先一些。它在理科方面的表现尤为突出，同时在人文社科方面也具备很强的实力。在教育部的第四次学科评估中，南京大学在理科方面的表现要强于南开大学。

南开大学：南开大学也是国内顶级大学之一，尤其在经济类领域具有显著优势。金融学专业在第四轮学科评估中得分A-，高于南京大学的B+。

招生人数和报考难度

南开大学：招生人数在15-20人之间，除去推免生，实际招生人数在5-10人之间。第一年报考热度较低，分数线可能较低，但第二年热度会上升，难度也会增加。

南京大学：招生人数在5-10人之间，实际招生人数可能会有所扩招。南京大学报考热度较高，尤其在江苏地区，每年的就业率也非常好。

学科优势

南开大学：金融学、应用经济学等学科较强，尤其在北方地区有较高声誉。

南京大学：在理科方面表现突出，环境工程、化工等学科有显著优势。英语学科实力也较强。

就业和地域优势

南京大学：位于南京，就业前景好，尤其在江苏及周边地区有较高影响力。

南开大学：位于天津，虽然就业前景也不错，但整体发展略逊于南京。

个人因素

兴趣和发展目标：选择哪所学校更取决于个人的兴趣和发展目标。如果对经济类学科感兴趣，南开大学可能更适合；如果希望在理科或环境工程等领域发展，南京大学可能更有优势。

个人能力和准备情况：两所学校考研难度都较高，需要充分准备。南京大学可能因为报考热度高而竞争更激烈，但相应的，其教学资源和综合实力也较强，可能更适合那些希望进入顶尖学府的学生。

建议

综合考虑以上因素，如果你对经济类学科有浓厚兴趣，且希望在北方地区发展，南开大学可能是一个更好的选择。如果你希望在理科或环境工程等领域深造，并且不介意报考难度较高，南京大学可能更适合你。最终选择哪所学校，还应结合个人的实际情况和目标进行权衡。