东南大学和北京航空航天大学都是中国顶尖的985高校，各有其优势学科和特色。以下是两所学校在多个方面的比较：

学科实力

东南大学：在第四轮学科评估中，东南大学有5个A+学科（电子科学与技术、信息与通信工程、建筑学、交通运输工程和生物医学工程等），1个A学科和6个A-学科。东南大学的优势专业在建筑、交通和生物医学工程等方面较为突出。

北京航空航天大学：在第四轮学科评估中，北航有4个A+学科（控制科学与工程、计算机科学与技术、材料科学与工程等），3个A学科和7个A-学科。北航的优势专业在机械制造及其自动化、控制科学与工程、计算机科学与技术、材料科学与工程等方面表现更为突出。

地理位置

东南大学：位于南京市，江苏省内认可度较高，对于想在江苏发展的学生来说，地理位置较为便利。

北京航空航天大学：位于北京市，地理位置优越，知名度高，对于希望在北京发展或享受北京资源的学生来说，更具吸引力。

报考难度

东南大学：从录取平均分来看，东南大学的专硕录取平均分在370分左右，录取总人数在70人左右。

北京航空航天大学：学硕和专硕的录取平均分通常在390分左右，录取总人数较多。

其他因素

北航的优势：北航作为国家“985工程”、“211工程”重点建设高校，入选了多项国家重点发展项目，如“珠峰计划”、“2011计划”等，知名度和影响力较大。

东南大学的优势：东南大学在建筑学、土木工程、环境科学等领域有很强的实力，且作为建筑老八校之一，其建筑学、土木工程专业在全国有很高的认可度。

建议

选择东南大学还是北京航空航天大学，主要取决于个人的兴趣、职业规划和地域偏好：

如果对建筑、交通和生物医学工程等领域有浓厚兴趣，且希望在江苏或南京发展，东南大学可能更适合。

如果对机械制造及其自动化、控制科学与工程、计算机科学与技术等领域有浓厚兴趣，且希望在北京发展或享受北京资源，北京航空航天大学可能更适合。

综合考虑学科实力、地理位置和报考难度，两所学校都是非常好的选择，具体哪个更好还需根据个人情况做出决策。