火箭队作为《神奇宝贝》中的反派组织，其神奇宝贝的去向主要与剧情发展相关，可分为被收服和被放生两类：

一、被收服的神奇宝贝

武藏

- 收服了阿柏怪、毒粉蝶、大食花、饭匙蛇、沙漠奈亚、暴鲤龙等经典宝可梦。

- 部分宝可梦如毒粉蝶、大食花因剧情发展与其交换或战斗后离开。

小次郎

- 拥有假面死灵、大食花、沙漠奈亚等宝可梦。

- 大食花最终与鲤鱼王大叔的口呆花交换，沙漠奈亚在DP54被送走。

其他成员

- 武藏：

在AG06中收服了果然翁，后因交换果然翁获得阿柏怪和双弹瓦斯。

- 小次郎：在DP3中找回了老朋友尖牙笼。

二、被放生的神奇宝贝

毒粉蝶

- 与配偶相遇后选择离开，武藏最终将其打碎让其自由。

大食花

- 被武藏用口呆花交换后，因武藏的威胁被迫与鲤鱼王大叔的口呆花结合，后两者共同回归森林。

阿伯怪和双弹瓦斯

- 在超世代剧场版中，火箭队因无法对抗精灵班吉拉，用拖延战术放走了这两个宝可梦。

果然翁

- 被武藏用大舌头交换后，因武藏的指挥能力不足，未能有效利用其特性。

三、特殊情况说明

神奇宝贝的回归：

部分宝可梦如毒粉蛾（刺尾虫进化而来）在剧情后期重新出现，但已非火箭队成员。

地区差异：不同地区剧情中，部分宝可梦的去向存在差异，例如武藏在不同版本中收服的神奇宝贝种类不同。

综上，火箭队的神奇宝贝多因剧情发展被收服或放生，部分宝可梦在离开后仍有重要剧情关联。