根据搜索结果，日本考研城市的选择需结合学术资源、生活成本、就业机会等因素综合考量，以下是主要推荐城市及分析：

一、学术资源顶尖城市

东京

拥有东京大学、早稻田大学、庆应义塾大学等世界顶尖学府，学术资源丰富且国际化程度高，适合追求优质教育的学生。

语言学校集中（如ISI、EDU），适合日语专业考研。

京都

以历史文化和传统艺术见长，京都大学是顶尖研究型国立综合大学，涵盖文科与理科的多样性研究。

拥有17处联合国教科文组织遗产，适合偏好文化氛围和安静学习环境的学生。

大阪

关西学院大学、大阪大学等商科和制造业领域优势显著，适合商科专业考研。

二、生活成本与就业机会

东京

综合成本最高，但打工时薪可达1000-1500日元，兼职机会多且覆盖行业广（如金融、科技、娱乐等）。

交通便利，生活设施完善，适合喜欢快节奏生活的学生。

大阪

物价低于东京，生活费用更经济，适合预算有限的学生。

就业机会丰富，尤其在制造业、贸易领域，打工时薪约900日元起。

京都

生活成本适中，文化活动多样（如艺术展览、戏剧表演），适合追求平衡学习与生活的学生。

三、其他推荐城市

福冈：

九州大学等高校集中，高科技产业发达，适合理工科学生。

奈良/神户：近畿地区重要城市，兼具学术与商业资源，适合多领域发展。

四、选择建议

优先学术资源：东京、京都、大阪。

预算有限：优先考虑大阪或京都。

偏好现代体验：东京是最佳选择。

结合职业规划：东京就业机会多，京都文化氛围浓厚，大阪生活成本较低。

建议根据个人学术目标、预算和生活偏好进行选择，同时关注各城市最新留学政策与学校动态。