南京考研历史专业较好的学校主要有以下几所：

南京大学

南京大学是江苏省唯二两所依然还在自主命题的历史学高校之一，也是985大学。南京大学综合实力强劲，在曾经的自命题中，真题难度大，推免人数多，报考热门著称。其历史学考研招生方向特别多，光是中国史就有17个招生方向，展现了南京大学异常雄厚的师资力量和人员储备。

东南大学

东南大学也是985大学，虽然以建筑领域著称，但在历史学方面也有不错的教学和科研实力。

南京师范大学

南京师范大学是江苏省高水平大学建设高校，其历史学专业在国内也有较高的声誉，尤其是中国史专业有多个研究方向和招生名额。

南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京农业大学、中国药科大学、南京林业大学、南京医科大学、南京中医药大学、南京财经大学

这些学校虽然以工科、理科或农学为主，但也设有历史学硕士点和招生名额，可以作为考研的备选。

建议

南京大学和 东南大学作为985大学，历史学实力强劲，但竞争也较为激烈，适合准备充分、实力突出的考生报考。

南京师范大学作为江苏省内重点高校，历史学考研难度相对较低，且研究方向多样，适合不同兴趣和需求的考生。

其他理工科和农业类大学的历史学考研难度相对较低，但也需要仔细了解各校的具体招生情况和要求。

根据以上信息，考生可以根据自己的兴趣、实力和目标院校，综合考虑选择最适合自己的考研学校。