清明节磕三个头 有多种含义，具体如下：

对祖先的思念和哀悼：

在一些特殊场合，比如家中老人过世时，可以磕三个头，以表示对祖先的思念和哀悼之情。

对神灵的敬畏和祈求：

在拜神的时候，磕三个头是一种对天地神明的最高致敬，寓意着人与天地合一，与自然和谐共生。

对逝去亲人的敬重：

在祭拜老祖宗和逝去的亲人时，磕四个头是常见的做法，其中前三个头分别代表对亲情的追忆、对离别的惋惜和对未来的期许，最后一个头则是对逝者的敬重之情。

民间信仰和习俗：

在一些地方，磕三个头也有特定的民间信仰背景，比如认为先人已经成为鬼神，需要更多的尊重和敬意。

综上所述，清明节磕三个头不仅是对祖先和神灵的敬意和怀念，也体现了人们对于生死轮回的敬畏与理解。具体磕几个头，可以根据当地的风俗习惯和个人的信仰来决定。