根据多份权威考研难度排名及高校特色分析，以下是考研难度较高的院校及原因总结：

一、顶尖高校综合难度最高

清华大学

综合排名全国第一，考研难度值高达97.73分，尤其在计算机科学与技术、金融等专业领域竞争极为激烈。非艺术类本科生需通过严格的网络远程面试、笔试等环节，且推免生比例超50%。

北京大学

文科专业（如法学、新闻学）录取难度居首，理科专业（如数学、物理）竞争同样激烈。北大常吸引各省高考状元和奥赛获奖者，录取门槛极高。

二、重点院校特色难点

复旦大学

文理专业并重，历史学、汉语言文学等文科方向与泛海国际金融学院吸引顶尖学子。其金融类考试内容深度广，竞争压力大。

浙江大学

计算机科学与技术、竺可桢学院（农业科学）难度突出，但农学院等专业相对较易。学校学术氛围浓厚，考生需兼顾专业深度与广度。

南京大学

作为“双一流”建设高校，南京大学考研竞争激烈，尤其在文科领域（如法学、哲学）和工科方向（如计算机、材料科学）均有较高难度。

三、其他高难度院校

上海交通大学：

财经类（高金）、医学类录取门槛高，推免生比例也较高。

中国科学院大学：科研型院校，考研侧重学术能力，录取竞争主要来自科研项目申请者。

中国人民大学：法学、新闻学院以高淘汰率著称，考生需长期备考。

四、报考建议

结合自身优势：

顶尖高校竞争依赖学术背景，普通院校则更注重综合能力。建议根据专业方向和分数情况选择目标院校。

关注招生政策：

推免生比例、复试形式等都会影响录取难度。例如清华北大推免生超50%，竞争尤为激烈。

理性定位：

部分院校（如厦大、南开）虽综合排名较低，但录取难度可能低于顶尖高校，可结合分数和职业规划综合考虑。

综上， 清华大学和北京大学是考研难度最高的两所高校，但考生可根据自身情况选择适合的院校。