根据搜索结果，杨超的本科毕业于 中国科学技术大学数学系。以下是相关信息的综合说明：

教育背景

- 杨超于2003年本科毕业于中国科学技术大学数学系。

后续发展

- 2007年，他在中科大获得博士学位。

- 后赴美留学，先后在加利福尼亚州立大学和斯坦福大学从事博士后研究，并担任访问学者。

其他身份

- 除数学领域成就外，杨超目前担任中山大学马克思主义理论与思想政治教育专业副教授、硕士研究生导师等职，研究方向涵盖马克思主义理论与思想政治教育、教育哲学等。

综上，杨超的本科阶段就读于中国科学技术大学数学系。